Ο ανακριτής φαίνεται πως έχει στην κατοχή του, από τον Ιούνιο του 2023, βίντεο και ηχητικά αρχεία που κατασχέθηκαν στις 14 και 15 Μαρτίου 2023, αλλά δεν έχουν συμπεριληφθεί στη δικογραφία.
Σύμφωνα με έγγραφο που περιήλθε στην κατοχή του NEWS24/7, η Διεύθυνση Εγκληματολογικών Ερευνών (Δ.Ε.Ε.) απάντησε στο εξώδικο, διευκρινίζοντας ότι εξειδικευμένα στελέχη του Τμήματος Εξέτασης Ψηφιακών Πειστηρίων προχώρησαν τον Μάρτιο του 2023 στην κατάσχεση ψηφιακών δεδομένων από το κέντρο διαχείρισης συστήματος του ΟΣΕ, το συνεργείο τηλεπικοινωνιών του ΟΣΕ, την ΕΡΓΟΣΕ και την Hellenic Train.
Τα αρχεία αυτά, συνολικού όγκου 1TB και περίπου 3.000 σε αριθμό, δεν είχαν ενσωματωθεί στη δικογραφία, και οι συγγενείς των θυμάτων ενημερώθηκαν πρόσφατα, μετά την απάντηση της ΔΕΕ. Έχοντας πλέον πρόσβαση στο υλικό, εξετάζουν αν μπορεί να συνεισφέρει νέα στοιχεία στην υπόθεση του δυστυχήματος, ενώ τις επόμενες ημέρες αναμένεται να ζητήσουν την ενσωμάτωσή του στη δικογραφία.
Τα κατασχεθέντα πειστήρια παραδόθηκαν αυτούσια, χωρίς επεξεργασία ή αντιγραφή, συνοδευόμενα από τρεις σχετικές εκθέσεις έρευνας και κατάσχεσης. Επιπλέον, η έκθεση εργαστηριακής πραγματογνωμοσύνης διαβιβάστηκε στον ανακριτή στις 28 Ιουνίου 2023.
Οι έρευνες της ΔΕΕ πραγματοποιήθηκαν στις 14 και 15 Μαρτίου 2023, λίγες ημέρες μετά το δυστύχημα, σε εκτέλεση της υπ’ αριθ. 94/2023 παραγγελίας της ανακρίτριας Ελένης Σούρλα, η οποία είχε εκδοθεί στις 13 Μαρτίου 2024. Στη συνέχεια, η υπόθεση ανατέθηκε στον ειδικό εφέτη ανακριτή Λάρισας, Σωτήρη Μπακαΐμη, ο οποίος είχε γνώση των συγκεκριμένων αρχείων.